So etwa die Entscheidung der Kommission (2005/174/EG) vom 28. Februar 2005 über die Festlegung von Leitlinien zur Ergänzung von Anhang II Teile B der Richtlinie 90/219/EWG. Dabei legt der Anhang II Teile B der Richtlinie 90/219/EWG die Kriterien fest, die hinsichtlich der Sicherheit gentechnisch veränderter Organismen für die menschliche Gesundheit und die Umwelt erfüllt sein müssen. Die Entscheidung der Kommission richtet sich dabei an die Mitgliedstaaten und enthält im Anhang zu dieser Entscheidungsleitlinien. Diese Leitlinien umfassen einerseits allgemeine Kriterien zur Beschreibung von Organismen und darüber hinaus besondere Kriterien, etwa die Pathologie oder die Toxizität.
Auch die Entscheidung der Kommission (2000/608/EG) vom 27. September 2000 über Leitlinien für die Risikobewertung gemäß Anhang III der Richtlinie 90/219/EWG ist für den Laborbetrieb maßgeblich. Sie enthält Kriterien für die Risikobewertung, so etwa die Verfahren zur Bestimmung potentiell schädlicher Eigenschaften (Gefahren) eines GVO und die vorläufige Einstufung des GVO in Klassen. In einem zweiten Verfahren wird die endgültige Einstufung und die für die Tätigkeit erforderliche Einschließungsmaßnahme festgelegt.
Auch wenn sich Entscheidungen der Europäischen Kommission zunächst einmal an die Mitgliedstaaten richten und die Projektleiter, Betreiber und BBS in den Anlagen davon ausgehen dürfen, dass der Gesetzgeber die Vorgaben des europäischen Rechts ordnungsgemäß in das Gentechnikgesetz und die Gentechnik-Sicherheitsverordnung umgesetzt hat, so ist es möglicherweise gleichwohl hilfreich, gelegentlich einen Blick in die Entscheidungen der Kommission zu werfen. Dies insbesondere dann, wenn eine Frage in den nationalen Bestimmungen nicht ausdrücklich geregelt ist. Insofern muss man zu einer europarechtskonformen Auslegung der nationalen Gesetze immer auch das Europarecht heranziehen.
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